如图(2021年12月22日更新)(本文包含剧透!!!)
注:前数字表示拆分版集数,后数字表示原版集数。
001 001 云霄飞车杀人事件(黑衣组织—琴酒 、伏特加出场,工藤新一喝下APTX-4869变小。大幕拉开)
002 002 董事长千金绑架事件(阿笠博士知道其身份,工藤新一化名为江户川柯南,住进毛利侦探事务所)
003 003 偶像密室杀人事件(沉睡的毛利小五郎初登场)
005 005 新干线大爆破事件(假琴酒和沃卡登场)
007 007 每月一件礼物威胁事件(兰初次怀疑柯南是新一)
014 013 奇怪的寻人事件(宫野明美初登场)
044 043 江户川柯南绑架事件(工藤父母知道江户川柯南真实身份)
049-050 048-049 外交官杀人事件(服部平次登场,江户川柯南喝下白干第一次变回工藤新一)
056 054 游戏公司杀人事件(龙舌兰出现,被炸死)
059-060 057-058 福尔摩斯爱好者杀人事件(服部平次知道柯南身份)
078-079 076 柯南VS怪盗基德(怪盗基德出场)
099-102 096 走投无路的名侦探!连续两大杀人案件(100兰第二次怀疑柯南)
135 128 黑衣组织10亿元抢劫事件(宫野明美被GIN杀死,黑衣组织浮出水面)
136-139 129 来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件(宫野志保(灰原哀)出场)
140-141 130-131 竞技场无差别胁迫事件(灰原说出了工藤新一与组织在半个世纪前就有了关系)
181-182 170-171 黑暗中的死角(重要人物新出医生登场)
190-192 176-178 与黑衣组织的再会(190皮斯克出场 192宫野志保第一次恢复 皮斯克被琴酒灭口,贝尔摩德出场)
203-208 188-193 危命的复活(毛利兰第三次怀疑江户川柯南是工藤新一、江户川柯南吃下APTX-4869临时解药参与破案和约会、茱蒂·斯泰琳被提及)
235-238 219 被召集的名侦探!工藤新一VS怪盗基德(乌丸连耶被提及,疑似BOSS,半个世纪以前很有钱)
245-246 226-227 格斗游戏的陷阱(茱蒂·斯泰琳正式登场)
249-250 230-231 神秘的乘客(新出医生为贝尔摩得易容;赤井秀一登场;确定苦艾酒候选人就在公交车上,可推断为朱蒂斯泰琳、新出智明、赤井秀一)
261 242 元太少年的灾难 (提到GIN是左撇子)
265-266 246-247 陷入网中的谜团(266灰原对兰有好感)
277-278 258-259 来自芝加哥的男子(詹姆斯·布莱克登场、詹姆斯·布莱克与赤井秀一认识)
291-292 269-270 犯罪的遗物 (毛利小五郎的卷宗被盗,目标直指柯南、赤井秀一在毛利侦探事务所外监视、贝尔摩德调查柯南)
293-294 271-272 情急之下的省略(小兰开始回忆赤井秀一、茱蒂说:快到了收获苹果的时候了、灰原被贝尔摩德怀疑)
299-300 277-278 英语老师VS关西名侦探(柯南叫博士调查克里斯·宾亚德即贝尔摩德、朱蒂斯泰琳)
301-302 279-280 疯狂足球迷(知道克里斯·宾亚德在她母亲葬礼上说出了她的经典台词、有希子客串)
306-307 284-285 中华街 雨中的似曾相识(小兰回忆起包含克丽斯和秀一的纽约的事情)
308-310 286-288 工藤新一纽约事件(知道克里斯就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿、毛利兰第一次见到贝尔摩德、贝尔摩德扮成杀人魔登场、赤井秀一对其进行追踪、兰得知赤井秀一是FBI、毛利兰成为贝尔摩德的Angel,为满月篇作下铺垫、工藤新一结束13年单恋与毛利兰成为互相暗恋关系)
311-312 289-290 光彦森林迷失记(311沼渊己一郎跟黑暗组织有关)
326-329 304 震动的警视厅 1200万名人质(326松田警官跟安室有关系)
332-333 307-308 遗留下来的无声证言(再次抓住黑暗组织的尾巴)
334-336 309-311 与黑衣组织的接触(柯南从小兰得知赤井秀一是FBI的事情、柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件)(332-336 板仓卓登场、红黑双方就板仓卓日记展开争夺战)
354-355 329-330 金钱买不到的友情(本集中提到了灰原的父亲宫野厚司是阿笠博士的旧识)
360-361 335-336 东都显像所的秘密(灰原被赤井秀一所派叼烟男子开车跟踪,赤井秀一最后看着灰原照片说:但是,还真像啊)
363-364 338-339 四辆保时捷(新出智明第一次接触到灰原哀、茱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系、贝尔摩德知道灰原的身份)
365-366 340-341 厕所里隐藏的秘密(灰原在厕所中找到了妈妈的录音留言)
369-370 343-344 便利店的陷阱(小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片,引起对朱蒂身份的怀疑,发现茱蒂在调查新一)
371-375 345 与黑衣组织正面对决 满月之夜的双重谜案(红黑双方就灰原哀展开争夺战;茱蒂、赤井、詹姆斯为FBI探员;贝尔摩德扮成新出医生暴露;柯南得知BOSS邮箱按键音;贝尔摩德称呼柯南为银色子弹,并期待他能击垮黑衣组织,并对GIN隐藏了柯南就是工藤的事实,从此可看出贝尔摩德和组织不寻常的关系)
376-377 346-347寻找屁股上的印记(376开头为上一集善后,其余与主线无关)
392-393 361-362 帝丹高中校园灵异事件(真正的新出医生回归)
405-406 374-375 星星和香烟的暗号(柯南听到山村警官给他奶奶打电话的按键音和贝尔摩的给Boss发简讯时的按键音相似,推测boss在鸟取县)
419-421 385-387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(boss的邮箱号被发现是0858、柯南得知BOSS邮箱地址是日本童谣《七个孩子》)
428-430 394-396 奇异屋宇大冒险(柯南推理出BOSS的邮箱号码,但灰原阻止柯南去调查这个号,并称之为“潘多拉之盒”)
434 400 心存疑惑的小兰(毛利兰第四次怀疑江户川柯南是工藤新一)
459-463 425 黑色冲击!组织的魔爪伸来的瞬间(水无怜奈、基安蒂、科恩出场,GIN开始怀疑毛利小五郎,赤井秀一称呼GIN为宿敌,水无怜奈出车祸后被FBI抓获)
467-468 429-430 回不去的二人(水无怜奈弟弟本堂瑛佑出场)
502-505 462-465 黑衣组织的影子(本堂瑛佑行事诡异,引起柯南注意、GIN想起曾经被杀的卧底姓本堂)
527-528 484-485 黑色照片的去向(调查伊森·本堂)
538-551 491-504 红与黑的碰撞(红黑双方就水无怜奈展开争夺战。CIA正式登场,瑛佑父亲伊森·本堂为CIA成员;水无怜奈CIA卧底身份曝光;秀一回忆明美,化名诸星大,为了卧底组织接近宫野志保,代号Rye,后因FBI搜查官卡梅隆失误,卧底失败重回FBI但也因此彻底爱上明美;FBI安德烈·卡梅隆登场;秀一拿了柯南手机是一个线索,上面留下指纹为后面铺垫;柯南策划秀一假死,帮助水无怜奈洗清嫌疑,为FBI做钓饵会组织继续卧底)
554-555 507-508 卡拉OK包房的死角 (本堂瑛佑知道了柯南是工藤新一并拒绝FBI证人保护计划)
556 509 红白黄色与侦探团(水无怜奈给朱蒂传递信息,组织派出一名代号为波本的成员专门调查雪莉。冲矢昴出场,灰原哀察觉出异样)
557 510 柯南VS双重暗号之谜(江户川柯南邀请冲矢昴入住工藤宅,本堂瑛佑已飞往美国)
558 511 推理对决!新一VS冲矢昴(昴先生和波本酒)
564-566 516-517 风林火山(长野县警组合登场)
572-573 522 新一的真实身份和兰的眼泪(工藤新一第三次恢复)
593-594 542-543 鱼儿消失的一角岩(冲矢昴的言语直逼灰原)
609-612 558-561 死亡之馆(诸伏高明登场)
614-615 563-564 侦探团VS强盗团(“烧伤赤井秀一”登场)
629 578 召唤危机的红色前兆(寻找伤疤赤井)
630 579 黑与13的暗示(疑似秀一的男子和冲矢昴同时出现,局势再次混乱,赤井秀一身份再次遭人怀疑)
631 580 逼近的黑色时刻(琴酒、伏特加、基尔)
632 581 摇摆的红色准星(水无怜奈被琴酒怀疑没有杀掉赤井秀一,琴酒准备让基安蒂对疑似赤井秀一的人进行狙击但并未成功,后来得知贝尔摩德通知后,GIN主动放弃,还笑着说:“真是独断专行,他还是那么让我不爽。……真希望他只是小说中的人物,像夏洛克福尔摩斯那样的侦探”)
667-672 616-621 福尔摩斯的默示录(工藤
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