李自成建立的第一个政权，是崇祯十六年春建立的“奉天倡义大元帅府”。他恢复了朱元璋废除的丞相制度，由牛金星出任丞相，设立吏户礼兵刑工六政府，每个政府各设侍郎。
地方上，由于此时李自成只控制了河南南部和湖广北部大致相当于一个省的领土，所以不设省级区划。以防御使为地方最高长官，统管军政事务，辖区范围大致相当于明朝的道。府、州、县各设文官。此外，各县都有武官带兵驻扎。
武官不必说，自然是由闯军将佐出任，文官的来源主要有三种。
第一，是早期加入农民军的落魄知识分子，以牛金星为代表。
第二，是由于各种原因投降的明朝官员和士绅。在早期，愿意追随李自成的知识分子都是难以通过科举出头的穷书生，在明末恶劣的社会环境下，他们的处境和农民一样凄惨，因此不得不造反求生。但是从崇祯十四年到崇祯十五年，短短两年的时间内，河南饥民大批加入闯军。李自成的兵力从进入河南时的一千人迅速膨胀到了数十万大军。随着闯军连克洛阳、开封、南阳、汝宁，杀福、崇、唐三王，败傅宗龙于项城，败汪乔年于襄城，在朱仙镇击溃丁启睿、杨文岳的十八万大军，又败孙传庭于郏县，河南南部的官军被一扫而空。等到李自成南下湖广时，左良玉望风而逃，襄阳、荆州、承天全都是不战而降。除了正在陕西重整旗鼓的孙传庭之外，整个中原再无李自成的敌手，这让很多人感觉到了改朝换代的征兆。
而这时，李自成对于明朝官员乡绅的态度也不再是一味诛戮，而是反抗者杀，降者录用。追随李自成不再是一个迫不得已的选项，而是一个改变自己命运的机会。所以，很多明朝有科名的高级知识分子，或者畏惧农民军的武力，想保全性命，或者在明朝的党争中受到打击，心存不满，或者希望在新王朝挣得一席之地，都选择了归降李自成。李自成任命的六个侍郎，大部分都是明朝的进士。
第三，就是知识分子中的中间阶层。这些人在明朝没有做官或者只做了微末的小官，不算富裕，但也没穷到非造反不可，李自成用科举来招揽他们。崇祯十五年的科举很不成功，当时知识分子还普遍敌视李自成，李自成不得不用武力逼迫强制他们来应考。但是崇祯十六年的考试就不一样了，大量的中下层知识分子前来应考，李自成从中择优录取，选拔了很多官员。
知识分子敌视李自成，主要是由于三个原因。第一是由于传统的正统观念，以忠于朝廷为天经地义，视李自成为贼寇。第二是由于李自成早期的政策野蛮粗暴，打击面过宽，做了很多伤害无辜的事情。第三是不看好李自成的前途，认为明军很快就会打回来。
在崇祯十六年，这三个问题都得到了解决。
首先，是朝廷大失民心。在自然灾害和官府暴敛横征的双重打击下，大批农民破产逃亡，逃亡者的赋税又要由没逃的人承担。朝廷每一次加派，经手的官吏都要从中分肥，疯狂地剥削压榨百姓。不仅小农、矿工们走投无路，连那些没有免税特权的中小地主都开始难以承受这样的压力。追剿闯军的官军，更是打破了中下级知识分子对明王朝的最后幻想。
以左良玉部为例，左良玉拥兵二十万，然而朝廷给他的军饷仅有两万五千人的份额，剩下的部分都由他自己筹措。筹措的方式自然就是抢劫。闯军抢劫的目标主要是明朝的宗室、官员、大地主，对普通百姓的侵害还要稍微弱一点，而官军是不会去抢这些有权有势的人的，只会欺压中产人家和穷苦百姓。左良玉既不敢打李自成，又虚报军功，于是就砍无辜百姓的人头冒功，连有功名的秀才都照杀不误。官军的大规模屠杀、强奸、抢劫行为，彻底把河南、湖广的百姓推到了明王朝的对立面上，既然给皇上当差纳粮换来的是这样的待遇，那为什么不换一个不让我们当差纳粮的皇帝？
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李自成绝非一个仁慈的人，对待那些坚决抵抗，给闯军造成很大伤亡的城市，他也常常不问谋划者还是被胁迫者，一律进行残酷的屠杀。但至少李自成不会无缘无故伤害没招惹他的人，主动投降他的城市都能得到保全。虽然很多人都不喜欢李自成，可是官军的暴行逼得他们不得不投降李自成以求活命。到了崇祯十五年的冬季，河南、湖广的兵民矛盾已经彻底激化，有的城市甚至开始公然支持李自成，武力对抗官军。
崇祯十五年十二月李自成攻打盘踞在襄阳的左良玉，左良玉不敢正面迎战，向江西方向逃跑。临走前为了筹措跑路的经费，也给李自成制造困难，“焚庐舍，夷井灶，鸡犬无所留，千里一空”。原本不想造反的百姓，在这种情况下也不得不反了，为了保卫家园，他们纷纷站到了李自成一边。闯军所到之处，百姓们“焚香顶礼，牲酒远迎”，“又复抵死为贼抬架铳炮，协拥大队过滩”。与之形成鲜明对比的是，左良玉为了逃命抢劫粮船。“先是小民不能自置舟者，辄挈室托于粮艘，凡数千家，以粮艘可恃也。至是概掠之。一卒登舟，百人请命，刀声人语，鱼乱水飞，可怜哉！十八日，全师东下，樯帆蔽江，酸泣之音，十里相接焉。两郡方幸得稍苏息。”正如堵胤锡所说：“臣知驱天下之民而从贼者，尽兵之为也。”
其次，就是李自成的政策日趋成熟。襄阳建政前后，李自成基本完成了军队的正规化，野战军与卫戍军分离，野战部队形成五营二十二将的体系，指挥系统周密，纪律严明。虽然之后闯军依然有屠杀行为，但是杜绝了官军那种随意打粮，毫无纪律地乱抢乱杀的做法。军队的一切行动都要有组织有纪律，在没有命令的情况下，不得杀人，不得放火，不得奸淫妇女，不得抢劫偷盗，不得踩踏庄稼，不得私藏战利品。对于现代社会来说，这样的军队依然是反人类的。但是在十七世纪的环境下，闯军的纪律已经是当时中国的一流水平了，至少比他的对手大明官军不知高到哪里去。
李自成在这时开始缩小打击面，对于明朝宗室还是照杀不误，对官员士绅则是只杀反抗者，降官只要交出一部分赃款，就可以既往不咎，重新录用，对中小地主和穷苦百姓，只要投降就不加侵害。再加上“三年免征”“闯王来了不纳粮”的口号，李自成的政策得到了广大穷苦百姓的拥护，他们不仅免于屠杀奴役，而且不再受到明王朝沉重的赋税压迫。士绅们出于自身生命安全的考虑，也能勉强接受这样的妥协。中小地主们一方面和普通农民一样希望贪官恶霸被打击，另一方面又害怕社会秩序被破坏，波及自己。李自成既打击豪强，又维护社会秩序的做法赢得了他们的支持，这些人逐渐对李自成有了好感。所以，中小地主出身的中下级知识分子也开始加入李自成的政权。
最后，就是李自成的一系列举措让知识分子们看到了胜利的希望。两年来，闯军连战连捷，杀死亲王三个、总督三个，刘国能、李万庆、猛如虎等名将都相继兵败身死，不可一世的左良玉望风而逃。闯军军纪严明、作战勇猛，和为非作歹、一触即溃的官军形成了鲜明的对比，李自成控制区内的知识分子已经开始有了李自成能夺取天下的信心。
在经济上，李自成也不再流动作战，而是开始稳扎稳打地建设根据地，“抚流亡，通商贾，募民垦田，收其籽粒以饷军”。郧阳府监纪推官朱翊锌说：“贼又给牛种，赈贫困，畜孽牲，务农桑，为久远之计。”“民皆附贼而不附兵，贼有食而兵无食。”让农民重新回到土地，是自秦汉以来每一个统一封建王朝诞生的前奏，只有恢复了农业生产，给百姓一口饭吃，才能从根本上结束明末乱世。李自成自己就是没饭吃才造反的，他对这一点认识得非常清楚。也正是因为李自成的能做到这一点，所以他才能打败崇祯。
我们把视线转向十六年前，也就是天启七年，明末农民战争爆发的那一年。
吴应箕的《楼山堂集》记载了他天启七年在河南的一段经历：
“自晨发，出郭门二十里，又行四十里。此日天色甚霁，搴帷而眺，则四十里中一望皆黄茅白草，察所过之处，皆行地亩中，亩之疆界尚在，而禾把之迹无一存者，计耕作久废矣。即问舆夫：‘此县东西南北，其田地荒芜尽如此乎？’夫答曰：‘如此者十有八九。息县较好，然如此者亦十有四五矣。’心怪其言，到驿舍见有备中火老人及吏役在焉，即呼问曰：‘向所见一路荒芜之田，无差粮乎？’数人同声对曰：‘前此皆膏腴之业，差粮如何得蠲？’即问：‘何不耕？’对曰：‘无牛。’问：‘何以无牛？’则谓：‘多盗卖出境者，无牛因以无佃，此其一端也。又本县马户差徭苛急，每报一人，人不堪役，则先卖其牛弃其地，久之而其人亦逃矣。人去则田无主，故不耕。人去而粮犹在，则坐赔于本户，户不堪赔则坐之本里，或又坐之亲戚。此被坐之家，在富者犹捐橐以偿，至贫者则尽弃户而去。故今村落为墟，田亩尽废，皆由此耳。’因又问：‘此有田弃走之家，始何不卖以与人，而甘抛弃若此？’则又对曰：‘夫差徭政为有田地者苦耳，今赔者欲弃其产而不得。况受其业，而粮即派其家，能堪之耶？于是相率而逃，相率而荒，日甚一日，故遂至此极矣。’又问：‘独无以此情白之县者乎？’对曰：‘此县令多举贡，日暮途穷，贪得为念，又衙门弊多，度力不足以区处，遂日操鞭扑，设法扳坐，只求粮完，自免上司谴责耳，何暇顾人户之逃、田亩之荒也。甚至有告理者则反笞之，所以百姓虽愁怨，率无敢言者。’予又问：‘此是通衢，司道必由此乎？’曰：‘然。’‘抚按由此乎？’曰：‘然。’‘州郡由此乎？’曰：‘然。’予问：‘曾有由此而问厥故者乎？’佥曰：‘无有。’予不觉浩叹。”
中原百姓苦捱了十六年，多少人抛妻弃子，多少人饿毙路旁，终于等来了一个不关心他们交多少税，而是关心他们有没有地种，关心他们有没有牛的朝廷。是帮助百姓种地的李自成能夺取天下，还是从百姓身上扒皮的朱由检能守住天下？顺逆之势，昭然若揭。
八月，孙传庭统率十万大军出潼关征讨李自成，这是明朝在内地除左良玉部外最后的主力军团了。李自成选择了诱敌深入的战术，前线军队纷纷撤离。由于孙传庭经历郏县大败没多久，其实并没有准备
