新生儿惊厥的长期预后与病因直接有关。蛛网膜下腔出血导致的新生儿惊厥预后较好，而Ⅲ或Ⅳ级脑室内出血者发病率高。约50%因缺血缺氧而导致惊厥的新生儿可发育正常，早期惊厥往往与最高的发病率和死亡率有关。惊厥时间愈长，新生儿愈可能有以后的神经损害(如脑瘫，脑发育迟缓)。