恶性葡萄胎的真正发生原因尚不清楚。文献上曾提出多种解释，诸如胚胎早期死亡、第二极体内复制学说、营养因素、病毒感染学说等，但均无确凿证据。有学者认为，葡萄胎的发生与染色体异常有关。