江西省南昌市东湖区福利院治疗室制度可能因时间、地点等因素而有所不同，以下是一个大致的制度：

1. 福利院治疗室的工作职责：

福利院治疗室负责收容、治疗和护理院外流浪、精神病患者。治疗室应建立完善的治疗流程和制度，包括：

(1)患者评估：治疗室应对患者进行身体、心理、社会等多个方面的评估，评估结果应作为治疗决策的基础。

(2)治疗流程：治疗室应根据患者的病情、治疗需求和文化背景等因素制定治疗流程，包括：

(a)治疗计划：治疗室应对患者制定治疗计划，包括药物、心理治疗等。

(b)患者护理：治疗室应对患者进行日常护理，包括患者卫生、生活护理等。

(c)患者心理治疗：治疗室应对患者进行心理治疗，包括认知行为疗法、家庭治疗等。

(3)人员管理：治疗室应建立完善的人员管理制度，包括招聘、培训、考核等，确保治疗室工作人员的专业水平和服务质量。

2. 福利机构的运营和管理：

福利机构的运营和管理需要建立完善的制度，包括福利机构的人员管理、财务管理、福利保障等。

以上是一个大致的制度，具体的制度可能因机构、时间等因素而有所不同。如果您有特定的问题或需求，可以联系福利机构或相关当局，以获取更详细的信息。