虽然大部分省份对于运营补贴实行统一标准的发放，但是，也有一些省份对于养老机构的运营补贴进行差异化发放，主要有以下几种情况。

运营补贴与床位类型挂钩。根据福建省的政策规定，护理型床位补贴针对非营利性养老机构和营利性养老机构有一定的差异，2018年起非营利性养老机构服务失能老年人的护理型床位运营补贴标准调整为每床2400元/年，对营利性养老机构护理型床位达到30%以上的，以实际入住的失能老年人床位数按上述标准给予床位运营补贴。这种差异性的政策在一定程度上引导营利性养老机构增加护理型床位。

运营补贴与养老机构星级和老年人失能程度挂钩。2016年发布的《广西壮族自治区民办养老机构补贴暂行办法》规定养老机构的运营补贴与养老机构的星级以及收住的老人失能程度有关，星级越高运营补贴越高，收住重度失能老人的运营补贴最高。根据广西的政策文件，五星级的养老机构收住重度失能老人补贴为160元/（人·月），一星级的养老机构收住轻度失能老人补贴只有60元/（人·月）。

运营补贴与收住的老年人失能程度挂钩。一般而言，更多的省份将运营补贴与收住的老年人失能程度挂钩，如湖北省2015年发布的《关于支持社会力量发展养老服务业的实施意见》规定，按收住失能对象每人每年不低于1500元、其他对象每人每年不低于1000元的标准给予补贴。

限定运营补贴发放时间。湖北规定根据实际入住人数按每人每月100元左右的标准发放运营补贴，补贴期限不超过5年。宁夏也有类似的规定。