帕金森的内因中，泛素-蛋白酶体系功能障碍就是一个比较主要的内因。除了氧化应激与线粒体功能障碍参与帕金森病病变过程外，泛素一蛋白酶体系与蛋白水解应激在黑质致密区多巴胺神经元的损伤中也起到重要作用。

线粒体功能障碍：通常认为线粒体功能障碍在原发性帕金森病病变过程中担当重要角色，但是线粒体功能障碍的起因及其在帕金森病发病中的功效当前仍不清楚。